Ce n'est qu'en 1549 qu'il s'installe à Paris et devient chantre ordinaire du roi.
A l'âge de soixante-dix ans, il décide de devenir étudiant et entre à l'Université de Paris. Ses fonctions à la chapelle royale assurent son existence mais ne l'empêcheront pas de mourir dans la pauvreté.
Son oeuvre compte environ 250 chansons, mais il a aussi écrit des psaumes, et des chansons spirituelles. Notons également deux messes "parodies", c'est-à-dire dont certaines parties ou la totalité sont la reprise de mélodies déjà existantes : Missa super "l'Aveuglé dieu", et la Missa super "la Bataille".
" ... Soit que représenter le vacarme
il ose,
Soit qu'il joue en ses chants le caquet féminin,
Soit que des oisillons les voix il représente,
L'excellent Janequin, en tout cela qu'il chante
N'a rien qui soit mortel, mais il est tout
divin. "
Antoine de Baïf.
