Motif d'introduction:  "Hey Joe" est introduite par un motif joué par la guitare solo rejointe à la fin de la 3ème mesure par la basse et la batterie
Un ostinato: Toute la chanson est construite sur un ostinato harmonique, fait de 5 accords, dont le 5ème, sur deux mesures, laisse place à un motif de la basse, un appel de la batterie, et parfois un riff de guitare pour la reprise.

Les variations: Le chant initialement sur une mélopée descendante Do, Si, La, Sol# et qui, à 0'58 monte à Mi Ré Do# Si pour monter encore à 2'41 jusqu'au sol, et gagner en énergie
Le choeur (féminin), à l'unisson grave au début suit la ligne mélodique du chant, s'élargit progressivement vers une polyphonie plus aigue, à la tierce d'abord à 0'54
Le solo de guitare à 1'40, point culminant de la chanson, dramatise en même temps que le choeur plus aigu, le texte "I shot her". Il permet aussi de réfléchir à l'issue de l'histoire: "I'm goin' way down south, way down where I can be free"
La basse, à 2'03, devient plus volubile, et joue la célèbre phrase chromatique, qu'elle rejouera deux fois:

1ère fois à 2'03   2ème fois à 2'48   3ème fois à la fin